Vírus respiratórios emergentes e em evolução: O design do teste é importante

Os vírus da gripe e SARS-CoV-2 representam um desafio contínuo para a saúde pública, em grande parte porque evoluem rapidamente e frequentemente. Para ajudar os médicos a limitar a propagação destes vírus, a tecnologia de diagnóstico deve ter em conta a evolução genética. No entanto, os testes diferem na sua capacidade de detetar novas variantes. Vamos analisar os dados epidemiológicos recentes e explorar os desafios e soluções de diagnóstico.  

Disseminação de Doenças Respiratórias Estacionais

Os dados da Organização Mundial de Saúde (OMS) mostram que os casos de COVID-19 atingiram o pico quando surgiram novas variantes, especialmente a variante Ómicron, causando surtos no início de 2022 e no início de 2023. Desde meados de 2023 para 2024, os casos semanais de COVID-19 diminuíram, mas a OMS ainda recebe relatórios de centenas de milhares de casos por semana.¹

Nos Estados Unidos, as admissões hospitalares por COVID-19 seguiram estas tendências globais, de acordo com dados dos Centros de Controlo e Prevenção de Doenças (Centers for Disease Control and Prevention, CDC). Os picos maiores ocorreram no início de 2021 e no início de 2022. Mas os números diminuíram em 2023 e no início de2024, graças às vacinas e outras medidas de saúde.²

Durante a época 2023/2024 na Europa, a gripe foi o vírus respiratório mais frequente, seguido pelo vírus sincicial respiratório (VSR) e SARS-CoV-2. Os casos de gripe atingiram o pico no final de 2023, sendo os tipos principais a gripe A (H3) e a gripe A (H1N1)pdm09.³ Esta tendência também ocorreu globalmente, onde os subtipos de gripe A foram mais detetados.⁴

Nos Estados Unidos, a época da gripe 2023/2024 tem sido moderada e a maioria dos testes de gripe positivos detetou gripe A (H3).⁵ A Austrália apresentou tendências semelhantes, com elevada atividade gripal no início de 2020, em meados de 2022, no início de 2023 e no início de 2024. Gripe A (H3) e gripe A (H1N1)pdm09 foram mais comuns.⁶

Desvio genético do vírus e o seu impacto nos testes

Estudos recentes no Journal of Clinical Microbiology e no Journal of Pathology, Microbiology, and Immunology demonstraram que novas estirpes de gripe A com mutações genéticas matriciais podem levar a resultados falsos negativos em testes que dependem de um único alvo genético. Por exemplo, um estudo realizado por Landry e Owen (2022) concluiu que uma estirpe H1N1 da gripe A escapou à deteção através de testes direcionados apenas para o gene da matriz.⁹ Isto mostra a necessidade de múltiplos genes-alvo em testes moleculares.

A evolução genética de SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 evoluiu rapidamente, especialmente com a variante Ómicron e os seus subtipos, desafiando a precisão do diagnóstico. Dados do CDC mostram alterações genéticas significativas da cepa original.¹² Este desvio pode afetar a sensibilidade dos testes de diagnóstico, exigindo atualizações contínuas e validação dos testes.

Análise de Tecnologia de Diagnóstico

Num estudo realizado por Jorgensen et al.,¹⁰ alguns testes disponíveis no mercado mostraram resultados falsos negativos devido a alterações na sequência genética da matriz H3N2 da gripe A. O estudo destacou que as novas estirpes virais em circulação podem causar uma queda no desempenho do teste quando os testes não são concebidos para serem robustos contra mutações.¹⁰

Os testes de diagnóstico da Cepheid lidam bem com o desvio genético viral porque utilizam iniciadores e sondas que visam vários genes da gripe, incluindo alvos de genes matriciais de estirpes humanas e de aves da gripe A. Esta redundância-alvo permitiu ao teste múltiplo da Cepheid para a gripe A, gripe B, vírus respiratório sincicial e SARS-CoV-2 suportar as mutações comunicadas por Jorgensen, não produzindo falsos negativos no estudo comparativo.¹⁰

Esta estratégia de desenho de teste multi-alvo fornece uma ampla cobertura de estirpes e reduz o impacto de mutações genéticas. Estes atributos são essenciais para a preparação para a pandemia futura. Um desenho de teste multi-alvo pode permitir a deteção precisa de vários subtipos virais. Dados recentes de análises in silico utilizando a base de dados de sequências da Iniciativa Global de Partilha de Todos os Dados da Gripe (Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GSAID) mostram que os testes da Cepheid mantiveram uma semelhança de sequência superior a 96% com todas as estirpes testadas da gripe A humana e de aves, cobrindo eficazmente desvios genéticos recentes.¹¹

Importância dos testes rápidos

Um estudo publicado no Journal of Clinical Virology em 2018 por Pedersen et al. mostrou os benefícios dos testes rápidos para a gripe e o VSR. Os testes no "point of care" (POCT) para estes vírus podem reduzir o tempo que demora a obter resultados de 5,2 horas com testes laboratoriais para apenas 20 minutos. Esta reviravolta rápida é crucial. Sem POCT, 70% dos doentes positivos para vírus acabaram por partilhar salas com doentes negativos para vírus, e 27% dos doentes positivos para vírus receberam antibióticos desnecessários.⁷ Os testes rápidos ajudam a garantir que os doentes recebem rapidamente o tratamento certo, reduzindo a propagação de infeções.

Alterar o desempenho dos testes SARS-CoV-2 rápidos de antigénios

Os estudos no Journal of Clinical Microbiology observaram a sensibilidade dos testes rápidos de antigénios contra SARS-CoV-2 variantes, incluindo Ómicron e Delta. Estes estudos descobriram que, embora alguns testes rápidos de antigénio permaneçam eficazes, outros têm sensibilidade reduzida.¹⁴

Valor dos testes multiplexados

O VSR, a gripe e SARS-CoV-2 a cocirculação e têm muitos sinais e sintomas semelhantes, tornando os testes multiplex essenciais. Estes testes podem detetar vários vírus em simultâneo, tornando possíveis diagnósticos rápidos e definitivos. Estes testes também ajudam os médicos a agrupar os doentes hospitalizados de forma adequada e a prescrever os tratamentos antivirais certos.

Vigilância SARS-CoV-2 da Cepheid

A abordagem da Cepheid aos SARS-CoV-2 testes tem como alvo vários genes, incluindo os genes RdRP, E e N2. Esta estratégia garante uma elevada inclusão entre variantes virais, com análises in silico a preverem a ausência de resultados falso negativos para variantes novas ou em circulação.¹³

Design de teste de qualidade onde os doentes recebem cuidados

A plataforma da Cepheid GeneXpert® oferece testes de PCR a pedido em laboratórios hospitalares e ambientes próximos do doente com desempenho igual aos sistemas laboratoriais baseados em lotes, sempre que os testes são realizados. Isto permite o diagnóstico atempado e preciso de vírus respiratórios, incluindo gripe A, gripe B, vírus respiratório sincicial e SARS-CoV-2.^{15, 16, 17}

O desenho do teste que se concentra em vários alvos genéticos e uma ampla cobertura de estirpes reduz o impacto do desvio genético e aumenta a precisão. À medida que os vírus respiratórios continuam a evoluir, a qualidade do desenho do teste molecular irá provavelmente continuar a surgir como um impulsionador da tomada de decisões clínicas e do impacto no doente.