Comment un test moléculaire Cepheid est fabriqué avec le Dr Fred Tenover

Bonjour, je suis le Dr Fred Tenover. Je suis [l’ancien] vice-président des affaires scientifiques chez Cepheid, une société de diagnostic moléculaire ici, dans la Silicon Valley, en Californie. Avant de me joindre à Cepheid, j’ai travaillé pour les Centers For Disease Control And Prevention à Atlanta pendant environ 20 ans où je me suis concentré sur la résistance antimicrobienne et les infections nosocomiales.

Lorsque je pense à concevoir un test diagnostique, quatre choses me viennent à l’esprit. Premièrement, le besoin. Deuxièmement, l’impact. Troisièmement, l’apport du client. Et enfin, développer la bonne équipe.

Donc, si vous regardez autour de nous, il y a des centaines de virus, des milliers de bactéries qui peuvent causer des infections et plusieurs gènes impliqués dans l’oncologie. Et la question est de savoir s’ils nécessitent tous un test. Non, vraiment pas. Nous allons donc examiner les besoins cliniques non satisfaits. Nous allons examiner où nous avons vraiment besoin d’un nouveau test pour faire une différence, l’impact, et nous allons choisir le test qui a le plus grand impact pour aider les médecins, les microbiologistes et les personnes responsables du contrôle des infections à mieux faire leur travail.

Nous avons donc réduit cela du grand besoin au meilleur impact, et maintenant nous allons revenir au client et lui dire : « Nous avons cette idée, que pensez-vous de cela? ». Nous cherchons donc à obtenir l’adhésion des médecins et des personnes du laboratoire.

Et n’oubliez pas qu’il ne s’agit pas seulement d’un médecin dans un hôpital, car les médecins du service des urgences auront des idées légèrement différentes de celles des chirurgiens. Ils auront des idées différentes de celles d’un spécialiste des maladies infectieuses. Ils auront des idées différentes de celles des personnes dont le travail consiste à contrôler la propagation des infections à l’hôpital.

Nous allons demander à toutes ces personnes ce qu’elles pensent, puis nous allons faire appel à des infirmières, à des pharmaciens et peut-être même à des personnes responsables de l’assurance de la qualité, et nous allons rassembler toutes ces opinions. Nous allons les rassembler et dire que c’est le test que nous voulons mettre au point, puis nous allons assembler l’équipe au sein de Cepheid pour faire de ce test une réalité.

Alors, combien de temps faut-il pour tout ce processus du moment où nous obtenons notre idée jusqu’au moment où elle est sur les tablettes et prête à être vendue aux gens? Les gens pourraient être surpris si je vous dis que cela prend habituellement environ deux à trois ans. Pourquoi donc? Eh bien, voici ce dont vous devez vous souvenir, c’est qu’il y a plus que la partie recherche et développement dans l’équation.

Nous devons mettre au point ce test. Nous devons nous assurer qu’il fonctionne à l’hôpital ou en clinique externe, ce qui signifie que nous avons besoin d’un essai clinique. Cela seul peut prendre de quatre à six mois. Ensuite, nous devons nous assurer que nous pouvons prendre ce produit et le fabriquer. Il y a donc tout un processus de fabrication qui entre en jeu.

Lorsque nous transférons cela du personnel de recherche et développement au personnel de la fabrication, nous leur disons allez-y fabriquez ceci et ils disent d’accord nous pouvons maintenant le fabriquer. Nous devons ensuite le lancer. Nous devons mettre le produit à la disposition des personnes en laboratoire et, après tout ce temps, nous avons maintenant un test exact qui fait son travail, qui fonctionne dans un laboratoire et que les personnes peuvent ensuite utiliser pour donner un excellent diagnostic à un médecin qui peut ensuite agir sur ces résultats.

Bon, nous avons parlé de ce processus dans le cadre duquel nous avons mis au point un test. Nous avons fait les essais cliniques. Nous avons démontré son exactitude. Nous avons transmis nos données à la Food and Drug Administration. Ils les ont regardées et ils ont dit que c’était bien, que nous pouvions commercialiser ce test. Ce processus d’approbation peut encore prendre plusieurs mois, donc en tout, deux à trois ans.

Eh bien, nous n’avions pas deux ou trois ans pour mettre au point un nouveau test pour le SARS-CoV-2 parce qu’il y avait un tel besoin d’avoir un test diagnostique disponible rapidement. La Food and Drug Administration vous permet de suivre cette nouvelle voie. L’autorisation d’utilisation en cas d’urgence qui indique que vous devez toujours faire toutes les choses de base. Vous devez prouver qu’il est sensible. Vous devez prouver qu’il est spécifique. Vous devez prouver qu’il fonctionne en laboratoire, mais l’essai clinique habituel est considérablement raccourci.

Vous savez, il existe de nombreuses façons d’aborder le diagnostic d’une maladie infectieuse. Nous pouvons rechercher l’acide nucléique qui est la signature génétique de l’organisme particulier. Dans ce cas, SARS-CoV-2, c’est un virus à ARN. Nous pouvons rechercher la protéine qui se trouve autour de l’extérieur de ce virus. Ou nous pouvons essentiellement entrer dans l’humain et demander : « Bonjour, as-tu répondu à cela? » « As-tu déjà contracté une infection? »

Dans le cas de Cepheid, nous nous sommes concentrés sur la première façon de détecter cette signature génétique dans l’ARN et le virus. Pourquoi faisons-nous cela? Parce que c’est ce qui est le plus sensible. C’est ce qui est le plus spécifique. Pour ces raisons, nous considérons le test d’amplification de l’acide nucléique ou PCR comme la meilleure approche pour cette maladie infectieuse particulière.

Alors, qu’est-ce qui rend un test exact? Qu’est-ce qui fait un bon test? Eh bien, il y a vraiment deux choses importantes à prendre en compte. C’est la sensibilité du test, ce qui signifie que nous détectons chaque patient qui a la maladie, et la spécificité. Cela veut dire que nous voulons que nos tests soient négatifs chez les personnes qui ne sont pas atteintes de cette maladie particulière et parfois c’est un défi, car n’oubliez pas qu’il y a plusieurs coronavirus.

En fait, il existe des centaines de coronavirus. C’est en fait l’une des causes les plus courantes du rhume. Et il y en a quelques-uns qui sont plus pathogènes. Par exemple, le virus du syndrome respiratoire aigu sévère original et le virus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient

Ce sont deux coronavirus, mais celui-ci est unique. Ainsi, cette empreinte génétique qui se trouve dans ce virus nous permet de mieux comprendre ce qui le rend unique. Donc, une fois que nous avons mis au point notre test, nous le testons contre une foule de coronavirus différents et nous vérifions qu’il est positif seulement pour SARS-CoV-2. En fin de compte, nous ne reconnaissons que le virus SARS-CoV-2 et rien d’autre. Très sensible, très spécifique. C’est ce que signifie l’exactitude.

Nous avons maintenant une situation dans laquelle l’équipe de recherche et développement a fait son travail. Elle a développé ce test. Maintenant, nous devons le remettre à la fabrication et dire à ce service de le fabriquer pour nous. Qu’est-ce que cela signifie réellement? Eh bien, c’est un processus assez compliqué parce que nous avons une cartouche, un morceau de plastique très complexe. Nous devons y mettre des réactifs, des tampons et des perles. Nous devons assembler tout ça et y apposer une étiquette. Pour ce faire, nous avons besoin d’une équipe de personnes assez compétentes pour tout mettre en place.

L’une des choses que nous avons apprises très tôt sur les maladies infectieuses est qu’il ne s’agit pas d’organismes statiques. Ils s’adaptent constamment et changent continuellement afin de pouvoir infecter d’autres personnes. Nous en sommes conscients et nous essayons de garder une longueur d’avance sur les maladies infectieuses en nous assurant qu’une fois qu’elles sont présentes, le test reste robuste. Il reste exact et fait son travail.