Virus respiratoires émergents et en évolution : La conception des tests est importante

Les virus de la grippe et SARS-CoV-2 constituent un défi permanent pour la santé publique, en grande partie parce qu’ils évoluent rapidement et souvent. Pour aider les cliniciens à limiter la propagation de ces virus, la technologie diagnostique doit tenir compte de l’évolution génétique. Cependant, les tests diffèrent dans leur capacité à détecter de nouveaux variants. Passons en revue les données épidémiologiques récentes et explorons les défis et les solutions diagnostiques.  

Propagation des maladies respiratoires saisonnières

Les données de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) montrent que les cas de COVID-19 ont atteint un pic lorsque de nouveaux variants sont apparus, en particulier le variant Omicron, provoquant des augmentations début 2022 et début 2023. Entre mi-2023 et 2024, les cas hebdomadaires de COVID-19 ont diminué, mais l’OMS reçoit toujours des rapports de centaines de milliers de cas chaque semaine.¹

Aux États-Unis, les admissions à l’hôpital liées à la COVID-19 ont suivi ces tendances mondiales, selon les données des Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention, CDC). Des pics majeurs se sont produits début 2021 et début 2022. Mais les chiffres ont diminué en 2023 et début 2024, grâce aux vaccinations et autres mesures sanitaires.²

Pendant la saison 2023/2024 en Europe, la grippe était le virus respiratoire le plus fréquent, suivie par le virus respiratoire syncytial (VRS) et SARS-CoV-2. Les cas de grippe ont atteint un pic fin 2023, la grippe A (H3) et la grippe A (H1N1)pdm09 étant les principaux types.³ Cette tendance s’est également produite à l’échelle mondiale, où les sous-types de grippe A ont été les plus détectés.⁴

Aux États-Unis, la saison grippale 2023/2024 a été modérée, et la plupart des tests positifs de la grippe ont détecté la grippe A (H3).⁵ L’Australie avait des tendances similaires, avec une forte activité grippale début 2020, mi-2022, début 2023, et début 2024. La grippe A (H3) et la grippe A (H1N1)pdm09 étaient les plus fréquentes.⁶

Dérive génétique virale et impact sur les tests

Des études récentes publiées dans le Journal of Clinical Microbiology et le Journal of Pathology, Microbiology, and Immunology ont montré que de nouvelles souches de grippe A présentant des mutations génétiques dans la matrice peuvent conduire à des résultats faux négatifs dans des tests qui reposent sur une seule cible génétique. Par exemple, une étude menée par Landry et Owen (2022) a révélé qu’une souche H1N1 de la grippe A échappait à la détection par des tests ciblant uniquement le gène de la matrice.⁹ Cela montre la nécessité de multiples cibles génétiques dans les tests moléculaires.

Évolution génétique du SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 a évolué rapidement, en particulier avec le variant Omicron et ses sous-types, ce qui a mis à mal la précision du diagnostic. Les données du CDC montrent des changements génétiques significatifs par rapport à la souche d’origine.¹² Cette dérive peut affecter la sensibilité des tests diagnostiques, nécessitant des mises à jour continues et une validation des tests.

Analyse de la technologie de diagnostic

Dans une étude menée par Jorgensen et al.,¹⁰ certains tests disponibles dans le commerce ont montré des résultats faux négatifs en raison de changements dans la séquence du gène de la matrice H3N2 de la grippe A. L’étude a souligné que de nouvelles souches virales circulantes peuvent entraîner une baisse des performances des tests lorsque ces derniers ne sont pas conçus pour être robustes face aux mutations.¹⁰

Les tests diagnostiques de Cepheid gèrent bien la dérive génétique virale, car ils utilisent des amorces et des sondes ciblant plusieurs gènes de la grippe, y compris des cibles génétiques dans la matrice provenant de souches de grippe A humaines et aviaires. Cette redondance de cible a permis au test multiplex de Cepheid pour la grippe A, la grippe B, le VRS et SARS-CoV-2 de résister aux mutations signalées par Jorgensen, ne produisant aucun faux négatif dans l’étude comparative.¹⁰

Cette stratégie de conception de tests multi-cibles offre une large couverture de la souche et réduit l’impact des mutations génétiques. Ces attributs sont essentiels pour se préparer aux futures pandémies. Une conception de test multi-cibles peut permettre une détection précise de divers sous-types viraux. Des données récentes issues d’analyses in silico utilisant la base de données de séquences de l’Initiative mondiale pour le partage de toutes les données de la grippe (Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GSAID) montrent que les tests Cepheid ont maintenu une similarité de séquence de plus de 96 % avec toutes les souches de grippe A humaines et aviaires testées, couvrant efficacement les dérives génétiques récentes.¹¹

Importance des tests rapides

Une étude publiée dans le Journal of Clinical Virology en 2018 par Pedersen et al. a montré les bénéfices d’un test rapide de la grippe et du VRS. Les tests en biologie délocalisée (POCT) pour ces virus peuvent réduire le temps nécessaire pour obtenir des résultats de 5,2 heures avec des tests de laboratoire à seulement 20 minutes. Ce délai d’exécution rapide est crucial. Sans POCT, 70 % des patients positifs au virus ont fini par partager leur chambre avec des patients négatifs au virus, et 27 % des patients positifs au virus ont reçu des antibiotiques inutiles.⁷ Des tests rapides permettent de s’assurer que les patients reçoivent rapidement le bon traitement, réduisant ainsi la propagation des infections.

Modification des performances des tests rapides d’antigènes SARS-CoV-2

Des études du Journal of Clinical Microbiology ont examiné la sensibilité des tests antigéniques rapides contre SARS-CoV-2 variants, y compris Omicron et Delta. Ces études ont révélé que même si certains tests antigéniques rapides restent efficaces, d’autres ont une sensibilité réduite.¹⁴

Valeur des tests multiplexés

Le VRS, la grippe et SARS-CoV-2 co-circulent et présentent de nombreux signes et symptômes similaires, ce qui rend les tests multiplex essentiels. Ces tests peuvent détecter plusieurs virus simultanément, ce qui rend possibles des diagnostics rapides et définitifs. Ces tests aident également les cliniciens à regrouper les patients hospitalisés de manière appropriée et à prescrire les bons traitements antiviraux.

Surveillance de SARS-CoV-2 par Cepheid

L’approche de Cepheid en matière de tests SARS-CoV-2 cible plusieurs gènes, y compris les gènes RdRP, E et N2. Cette stratégie garantit une haute inclusivité entre les variants viraux, avec des analyses in silico ne prédisant aucun résultat faux négatif pour les variants nouveaux ou circulants.¹³

Conception de test de qualité là où les patients reçoivent des soins

La plateforme GeneXpert® de Cepheid offre des tests PCR à la demande dans les laboratoires hospitaliers et les environnements proches du patient, avec des performances égales à celles des systèmes de laboratoire par lots, quel que soit l’endroit où les tests sont effectués. Cela permet un diagnostic rapide et précis des virus respiratoires, notamment de la grippe A, de la grippe B, du VRS et SARS-CoV-2.^{15, 16, 17}

La conception de tests qui se concentrent sur plusieurs cibles génétiques et une large couverture de souche réduit l’impact de la dérive génétique et augmente la précision. Tandis que les virus respiratoires continuent d’évoluer, la qualité de la conception des tests moléculaires continuera probablement d’émerger comme moteur de la prise de décision clinique et de l’impact sur les patients.